Во время борьбы между братьями к Иудее приближались грозные войска Римской республики под предводительством великого Помпея. Рим уже поглотил владения Греции в Европе, захватил Северную Африку и устремился в Переднюю Азию. Бывшие земли Ассирии, Вавилонии и Персии покорялись одна за другой. Под власть Рима перешла Сирия. Помпей закончил покорение этой страны и из Дамаска послал небольшой отряд под предводительством Скавра в Иудею. Во время продолжавшейся осады Иерушалаима легионы римского полководца Помпея подошли к границам Сирии. Скавр прибыл в Дамаск. Там он узнал о конфликте между братьями Хасмонеями в Иудее и принял решение немедленно вмешаться в происходящие события. Он встретился с представителями сторон и принял решение в пользу Аристобула II, после чего приказал немедленно снять осаду Иерушалаима. Принято считать, что Аристобул предлагал за военную помощь четыреста талантов серебра, столько же вынужден был обещать и Гиркан II.

      Но римский легат охотнее принял предложение Аристобула, который, являясь царем, пользовался большим доверием. Скавр приказал Арету немедленно удалиться со своими арабами из Иерушалаима. Арету пришлось подчиниться и снять осаду города. Освобожденный Аристобул II послал Помпею в Дамаск роскошный подарок - искусно сделанное из золота виноградное дерево. Однако данное решение не имело окончательного характера: лишь сам Помпей был уполномочен определить позицию Рима в данном вопросе. Весной 64 года до н. э. братья были приняты Помпеем. Помимо этого к полководцу также прибыла делегация "народа Иудеи", которая, по утверждению Иосифа Флавия, просила вообще отменить власть династии Хасмонеев в Иудее. Трудно с уверенностью судить о том, кого представляла данная делегация. Большинство исследователей считает, что она выражала точку зрения фарисеев.

      Антипатр, выступавший от имени Гиркана II перед Помпеем, выдвинул серьезные обвинения против Аристобула II. Он представил по- следнего заклятым врагом эллинистических городов, которые римляне поддерживали, и обвинил его в организации морского разбоя у побережья Эрец Исраэль. Именно Помпей был уполномочен римским сенатом положить конец пиратству в Восточном Средиземноморье. Похоже, что клевета не оказала влияния на действия Помпея. Он не выразил свою точку зрения, а приказал противоборствующим сторонам воздержаться от враждебных действий до принятия им решения. Аристобул, однако, нарушил это распоряжение Помпея, самовольно оставил римский лагерь и даже возобновил военную кампанию.

      В 63 году в Сирию прибыл сам Помпей и принял посланцев как от обоих братьев, так и от народа. Каждый из братьев доказывал свое право на престол. Посланец от народа требовал ликвидации монархии и восстановления власти первосвященников. Помпей отказался действовать в пользу какой-нибудь стороны. Он отложил решение спора до своего прибытия в Иудею. В его голове возник другой вариант, отличный от всех предложенных вариантов. Помпей не собирался помогать одному из братьев; он хотел подчинить Иудею Риму. Аристобул предпринял несколько попыток договориться с римским полководцем в надежде, что последний передаст ему власть над Иудеей. Однако они не увенчались успехом, и Аристобул отступил в Иерушалаим, приняв решение бороться за престол. Вскоре Помпей прибыл в Иерихон. Аристобул изменил свое решение и обратился к Помпею с просьбой прекратить войну против него. Он пообещал полностью повиноваться римскому военачальнику, уплатить ему значительную сумму денег и передать ему Иерушалаим. Помпей согласился и направил своего помощника Габиния за деньгами. Однако приближенные Аристобула закрыли городские ворота и отказались пропустить посланника Помпея в город. Узнав об этом, Помпей приказал арестовать Аристобула II, подошел к Иерушалаиму и осадил его. Гирканисты впустили римлян в город, но храбрые сторонники Аристобула укрепились на Храмовой горе и защищали национальную святыню. В Йом Кипур Помпей предпринял решительный штурм. Крепость на Храмовой горе была взята, римляне ворвались туда. Вот как описывает эти события Иосиф Флавий:

      Внутри города тем временем происходил спор партий, не соглашавшихся между собой относительно дальнейшего образа действий: одним казалось лучше всего отдать город Помпею, другие же, именно приверженцы Аристобула, советовали запереться в городе и воевать, так как Аристобула держат под стражей. Затем последние опередили первых, заняли Храм и уничтожили мост, который ведет от него к городу; они решились вполне выдержать осаду. Прочие жители впустили (римское) войско и передали Помпею город и царский дворец. Тогда Помпей послал своего военачальника Пизона с войском для занятия города и дворца и для того, чтобы укреплять дома вблизи и около Храма. Сперва он еще предложил закрывшимся в Храме мирные переговоры, когда же те не приняли его предложение, он окружил стеной все окрестности Храма, причем Гиркан охотно помогал ему во всем. Помпей между тем на заре расположился лагерем вблизи северной части святилища там, где его легче всего можно было бы взять. Впрочем, и здесь вздымались огромные башни и был проведен ров по ту сторону глубокого ущелья. Сторона, направленная к городу, представляла из себя крутой обрыв, после того, как был разрушен мост, около которого расположился Помпей, и вал ежедневно подвигался лишь туго вперед, причем римлянам приходилось вырубать окрестные леса. После того, как вал достиг достаточной вышины, и глубокий ров был более или менее засыпан, Помпей придвинул привезенные из Тира осадные орудия и снаряды, и, поместив их (на валу), стал осыпать святилище градом камней. Если бы закон наш не повелевал нам не работать по субботним дням, то вал не достиг бы своей вышины, потому что этому воспрепятствовали бы осажденные; дело в том, что закон разрешает отражать наступление и нападение, но не позволяет препятствовать какому-либо другому предприятию неприятелей.

      Когда римляне заметили эти, то они по субботам перестали обстреливать иудеев или вступать с ними в бой, но занимались насыпанием валов и сооружением башен, либо придвигали осадные орудия, чтобы на следующий день иметь их под рукой в полной исправности. В сколь высокой мере у нас развито б-гопочитание и соблюдение законов, видно из того, что священнослужителей не удерживал от отправления своих обязанностей страх перед осадой, но что они ежедневно, дважды, рано утром и около девятого часа, приносили свои жертвы на алтаре и не прекращали этих своих жертвоприношений даже в тех случаях, когда в деле защиты Храма иудеи терпели какую-нибудь неудачу. Так, например, когда город был взят в день поста третьего месяца в 179 олимпиаду, в консульство Гая Антония и Марка Туллия Цицерона, в то время, как враги ворвались в Храм и стали избивать всех там находившихся, священнослужители, тем не менее, не прерывали своего священнодействия, и их не могли принудить к бегству ни страх за свою жизнь, ни множество убитых уже товарищей, потому что они были убеждены, что лучше подвернуться своей участи, оставаясь у жертвенников, чем в чем бы то ни было нарушить предписания законов. А что это не только пустые речи в похвалу ложного благочестия, но истинная правда, это свидетельствуют все историки, повествующие о деяниях Помпея, в том числе и Страбон, и Николай, и вдобавок Ливий, написавший римскую историю... Также и Авшалом, дядя и тесть Аристобулда, попал при этом случае в плен. Сильное поругание постигло тогда и святилище, которое до этого было закрыто и невидимо. Дело в том, что туда проникли Помпей и немалое число его товарищей, и узрели то, что не было разрешено видеть никому, кроме первосвященников. “Иудейские древности”, кн. 14, 4:3.

      Аристобул II лишился престола и вместе с членами его семьи был увезен в Рим в качестве пленника. Александр, один из его сыновей, сумел бежать из плена и спустя несколько лет поднял восстание против навязанных Римом порядков. Гиркан II получил пост первосвященника и царский трон, однако его полномочия были значительно урезаны, и, фактически, он находился в полной зависимости от римского наместника Сирии. Иосиф Флавий возложил вину за порабощение Иудеи римлянами на конфликт между Аристобулом и Гирканом. Виновниками этого бедствия, постигшего Иерушалаим, являлись Гиркан и Аристовул, ссорившиеся между собой. Теперь мы утратили свою свободу и стали подвластны римлянам, теперь нам пришлось поневоле вернуть сирийцам страну, которую мы отняли у них силой нашего оружия; кроме того римляне в короткое время получили с нас более десяти тысяч талантов, а царская власть, которая прежде предоставлялась в виде почета родовитым первосвященникам, теперь стала уделом мужей из простонародья. "Иудейские древности", кн. 14, 4:5.

      В 49 году Цезарь, завоевавший Рим у Помпея, намеревался использовать Аристобула во главе двух легионов в Сирии для борьбы с Помпеем. Но сторонники последнего узнали о планах Цезаря и отравили Аристобула. Его тело было переправлено в Иудею для захоронения. После почти столетней независимости Иудея вновь попала под власть иноземцев, что, несомненно, было связано с внутренними раздорами в самой стране. Первые Хасмонеи своим геройством спасли свободу Иудеи, последние Хасмонеи своими раздорами погубили эту свободу.